本庁機能を地方に移した唯一の中央省庁となるが、ほぼ半数の部署は東京に残る。
移転部署でも国会対応や他省庁との協議のため東京に残ったり、固定した席を決めずに京都と東京を行き来して業務をしたりする職員がおり、事実上の2拠点体制となる。